De acuerdo con Evencio Martínez San Juan Tamazola en 1567 tenía un ayuntamiento, integrado por un gobernador, regidores y alcaldes, siendo el primero la autoridad máxima. En aquella época su nombre oficial era “República de Tamazola” y los integrantes de ese ayuntamiento fueron:
Gobernador: Don Diego de Tapia
Alcaldes: Alonso Hernández y Agustín Rodríguez
Regidores: sus nombres no son mencionados
En la actualidad el municipio de San Juan Tamazola se rige por usos y costumbres y sus autoridades son elegidas en asambleas en las que tienen derecho de participar sus ciudadanos. Evencio Martínez presenta el siguiente listado de presidentes municipales, a partir de 1872 hasta 1986. Los nombres de los presidentes municipales de 1990 a 2016 fueron tomados del artículo sobre San Juan Tamazola en la “Enciclopedia de los Municipios y Delegaciones de México”
| Año | Presidente |
| 1872 | Anastacio García |
| 1873 | Zeferino López |
| 1874 | José Lázaro |
| 1875 | José Macedonio López |
| 1876 | José Espiridión García |
| 1877 | Angelino Fernández |
| 1878 | Juan Morales |
| 1879 | Juan Gabriel |
| 1880 | Juan Bautista |
| 1881 | José Amado López |
| 1882 | Agustín Gómez |
| 1883 | Melesio Fernández |
| 1884 | Feliciano Lázaro |
| 1885 | Manuel Lázaro |
| 1886 | Manuel Morales |
| 1887 | Apolonio Morales |
| 1888 | Francisco Morales |
| 1889 | Rafael Chávez |
| 1890 | Victoriano Lázaro |
| 1891 | Margarito Morales |
| 1892 | José Eduviges López |
| 1893 | Lorenzo Lázaro |
| 1894 | Apolinar López |
| 1895 | Clemente López |
| 1896 | Victoriano Lázaro |
| 1897 | Hilario López |
| 1898 | Máximo Martínez |
| 1899 | Cosme Morales |
| 1900 | Diego Morales |
| 1901 | Manuel Lázaro |
| 1902 | Teodoro López |
| 1903 | Manuel Morales |
| 1904 | Pedro Lázaro |
| 1905 | Lino Fernández |
| 1906 | Manuel Morales |
| 1907 | Erasto López |
| 1908 | Pioquinto Morales |
| 1909 | Margarito Morales |
| 1910 | Diego Morales |
| 1911 | Lucio Gómez |
| 1912 | Timoteo Morales |
| 1913 | Sebastián Ruiz |
| 1914 | Cristóbal Lázaro |
| 1915 | Pedro Lázaro |
| 1916 | Mariano de Jesús Morales |
| 1917 | Urbano Morales |
| 1918 | Anacleto López |
| 1919 | Martín Lázaro |
| 1920 | Fidel López |
| 1921 | Diego Morales |
| 1922 | Martín Lázaro |
| 1923 | Félix Martínez |
| 1924 | Celestino C. López |
| 1925 | Timoteo Morales |
| 1926 | Leandro López |
| 1927 | Guillermo Morales |
| 1928 | Tomás García |
| 1929 | Celestino C. López |
| 1930 | Timoteo Morales |
| 1931 | Isidro López |
| 1932 | Donato Morales |
| 1933 | Moisés Lázaro |
| 1934 | Librado L. Hernández |
| 1935 | Florencio M. Morales |
| 1936 | Fidel López |
| 1937 | Hilario A. Morales |
| 1938 | Bernabé García |
| 1939 | Juan Morales Gómez |
| 1940 | Fernando Lázaro |
| 1941-1942 | Leandro López |
| 1943-1944 | Hermenegildo Lázaro |
| 1945 | Hilario A. Morales (titular) |
| 1946 | Nicolás López (interino) |
| 1947-1948 | Bernabé García |
| 1949-1950 | Celestino C. López |
| 1951-1952 | Moisés Lázaro |
| 1953-1954 | Juan Torres (titular) |
| 1955-1956 | Agapito Bautista (interino) |
| 1957-1959 | Adrián López |
| 1960-1962 | Juan Gómez |
| 1963-1965 | Marceliano Morales |
| 1966-1968 | Rogaciano López |
| 1969-1971 | Apolinar Torres |
| 1972-1974 | Toribio García |
| 1975-1977 | Venancio López |
| 1978-1980 | Filadelfo García Morales |
| 1981-1983 | Prof. Fidencio Lázaro Lázaro |
| 1984-1986 | Ezequiel Lázaro |
| 1990-1992 | Damian Bautista Lázaro |
| 1993-1994 | Evencio López López |
| 1995-1996 | Claudio Pacheco Gaytán |
| 1997-1998 | Crescencio Morales Santiago |
| 1999-2001 | Hermilo López Martínez |
| 2002-2004 | Hugolino Aguirre López |
| 2005-2007 | Javier García Lázaro |
| 2008-2010 | Bulmaro Gómez Morales |
| 2011-2013 | Cleofas Hernández Morales |
| 2014-2016 | Enrique López García |
| 2017-2018 | Cipriano Velasco Vásquez |
| 2018-2021 | Efraín Lázaro Lázaro |